En 1556 arribaron los padres Dominicos e iniciaron la difusión de la religión Católica. En 1604 se instauró en Somondoco el primer resguardo del valle de Tenza y los grupos indígenas de los teguas, chirimitas y guanecas, fueron adscritos a Garagoa. En 1635 se tiene la primera referencia de la encomienda de Garagoa, con 116 nativos adscritos.
El historiador boyacense Basilio Vicente de Oviedo, escribió un libro en el año 1763 titulado: Cualidades y riquezas del Nuevo Reino de Granada. En la obra en referencia existe este párrafo sobre Garagoa:5
«El curato del pueblo de Garagoa, del corregimiento de Tenza, distante de Tunja dos jornadas hacia la vía para los llanos de San Juan y otras dos cortas jornadas de Santa fé hacia el Norte, esta extraído del comercio común y caminos reales, y su temperamento templado produce frutos de tierra caliente caña dulce, plátano, maíz, yucas, batatas, mucho anís y garbanzos, tendrá hasta 100 indios y hasta 200 vecinos de los que se llaman blancos. Su administración bien trabajosa, por ser tierras dobladas con serranías, especialmente una bastante grande que llaman Garagoa y corre para los llanos de Santiago de Casanare». En 1777 se ordenó la venta total del resguardo de Garagoa. Tres años después, los habitantes del municipio se adhirieron al movimiento de los comuneros de 1781 y la gente salió del poblado dirigída por el capitán Roque Perilla en dirección a Zipaquirá, a ponerse a las órdenes del comandante general de la sublevación Juan Francisco Berbeo. El corregidor Manuel del Pozo y Pino concedió mercados en el año de 1805, para Guateque el día miércoles y Garagoa el día Domingo. La parroquia fue erigida el 3 de agosto de 1808 con la aprobación del virrey Antonio Amar y Borbón y el arzobispo Fray Juan de los Barrios, siendo su primer párroco Juan Ignacio Mejía de la Zerda.
El 5 de octubre de 1809 adquiere la categoría de Municipio, siendo su primer alcalde Mateo Castañeda; los alcaldes sucesivos, fueron nombrados por el gobernador del departamento.