Garagoa quiere decir, en el idioma chibcha, "detrás del cerro". Es pueblo desde antes de la conquista. En realidad, la invasión de los españoles, en busca de las minas de esmeraldas, lo puso en primera instancia, ya que su dominio fue decisión de Gonzalo Jiménez de Quesada. En 1556 se inició el proceso de evangelización, a cargo de los religiosos dominicos. En 1755 se nombraron los primeros alcaldes pedáneos, Valentín Martín Sánchez, el primero y después, Mateo Castañeda, Juan Hipólito de Mora y Don Hipólito Suárez.
Garagoa recibió al Libertador el 9 de febrero de 1821 encuentro de Don Andrés Mora con el Libertador en el sitio los Lavaderos próximo a la Quebrada de Quinua; tiempo después al dividirse el territorio de la Nueva Granada en Provincias, cantones y Distritos Parroquiales, se integró el cantón de Garagoa con los siguientes Municipios: Garagoa como cabecera, Campo hermoso, Chinavita, Macanal, Miraflores y Zetaquirá.
Garagoa es asiento de una estirpe noble, dueña de la gentileza y señorío tradicional, allí se forjaron hombres y mujeres cultas que habían brillado en el panorama nacional; apellidos como Morales, Medina, Forero Buitrago, Daza, Mora; y Bohórquez lideraron la Lucha y progreso de la Región.
En 1930 llega a Garagoa el Primer automóvil traído en partes a lomo de mula desde Chocontá por Don Isidro Mora y se convierte en atracción local y las gentes pagaban dos centavos por dar la vuelta al pueblo. El 17 de Julio de 1977 fue elegida como Diócesis y Sede Episcopal y su primer obispo fue Monseñor Juan Eliseo Mojica Oliveros.